SD Negeri 13 Juli berdiri pada tahun 1982, tahun dimana konflik sedang berkecamuk. Namun semangat masyarakat untuk membangun sekolah tetap tinggi walaupun dalam keadaan darurat militer. Sekolah ini juga pernah mengalami kebakaran hebat sehingga proses pembelajaran harus terhenti. Namun, tidak lama kemudian pemerintah segera membangun sekolah darurat di desa Beunyot yaitu di dekat Bendungan Peusangan, sehingga proses pembelajaran dapat berlanjut.
Setelah mengalami kebakaran hebat, Pemerintah Kabupaten Bireuen kembali melakukan pembangunan secara besar-besaran hingga berdirilah kembali SD Negeri 13 Juli. Saat ini pada tahun 2020 SD Negeri 13 Juli terus melakukan perbaikan baik dari segi fisik sekolah maupun mutu pendidikan ke arah yang lebih baik.
